Любая научная система состоит из двух частей – теоретической и прикладной. В соответствии с методом науки в теоретической части в сжатой и систематизированной форме излагаются основные фундаментальные положения терапевтической системы, определяющие ее как самостоятельную научную систему и приводится оригинальная классификация патологических состояний, а в прикладной части описываются общие принципы применяемых непосредственно в клинической практике аутентичных прикладных методик и метода объективного контроля процесса лечения, что делает научную систему обоснованной и доказательной. Такое систематизированное описание научной терапевтической системы рассматривается как курс пропедевтики терапевтической системы.

  Принципиальные особенности любой программы обучения определяются лежащей в ее основе базовой концепцией и научной категорией. В основе курса пропедевтики гомеопатической медицины лежит сформулированная С. Ганеманом базовая концепция преподавания гомеопатии как факультетской медицины, так как это единственно возможная научная система подготовки грамотных врачей-гомеопатов. В соответствии с этой базовой концепцией  при изучении теории все аспекты гомеопатической терапии рассматриваются как эволюция базовой методики и рабочей теории, объясняющей характерные особенности терапевтического действия «спецификов» как отдельной фармакологической группы лекарственных средств — только при такой схеме изложения материала выполняется принцип эссенциальности, который отражает фундаментальную для любой научной системы  способность к безграничному развитию каждого из составляющих ее элементов без нарушения целостности системы через определенные последовательные этапы. Принцип эссенциальности, являющийся одним из двух фундаментальных свойств, идентифицирует все терапевтические методики, созданные на основе терапевтического принципа как объективной научной категории.

  В курсе пропедевтики гомеопатической медицины из основополагающих положений клинической медицины подробно рассматриваются только специфические особенности, идентифицирующие гомеопатическую терапию как самостоятельную терапевтическую систему –  прикладная научная категория, представленная терапевтическим принципом подобия и характерные особенности фармакологического действия «спецификов» идентифицирующие их как самостоятельную фармакологическую группу, которые составляют научную основу гомеопатии. Составляющие научную основу гомеопатии элементы подробно описаны С. Ганеманом в работах «Опыт нового принципа…» и «Опытная медицина» с тщательного изучения которых и начинается обучение врачей-гомеопатов.

   Гомеопатическая медицина состоит из трех основных разделов – философии гомеопатии, миазматики и гомеопатической Materia Medica. В целостном виде теоретические положения всех трех разделов гомеопатической медицины излагаются в виде адаптированного курса тематического усовершенствования «Основы гомеопатической терапии». Курс тематического усовершенствования в сжатом виде представлен в обзорной статье «Научная основа гомеопатии». Соответственно, в этой статье подробно описаны только  специфические особенности гомеопатической терапии, которые представлены как конспекты двух основополагающих работ С. Ганемана «Опыт нового принципа…» и «Опытная медицина», т.е. в том виде как они изучаются на курсе пропедевтики гомеопатической медицины, а базовая методика представлена как методика эмпирического назначения «спецификов». Структура статьи «Научная основа гомеопатии» повторяет структуру изложения материала в классическом учебнике В. Берике «Краткое руководство  к изучению принципов гомеопатии, разработанных С.Ганеманом и проверенных в течение столетия клинической практики».