Базовой методикой гомеопатической терапии является метод эмпирического выбора «специфика» по первичным симптомам нозологической единицы, который как прикладная оригинальная методика представлен С. Ганеманом в предисловии ко второй части, изданной в 1805 г. в г. Лейпциге на латинском языке “Fragmenta de viribus medicamentorum positivis».  В изданной в следующем 1806 году «Опытной медицине» метод эмпирического выбора «специфика» по первичным симптомам нозологической единицы подробно описан как базовая методика гомеопатической терапии, а в предисловии ко второму тому «Reine Arzneimittellehre» базовая методика представлена как простой усеченный метод реперторизации.

С позиции современной клинической медицины  метод эмпирического выбора «специфика» по первичным симптомам нозологической единицы обосновывается тем, что одно и тоже заболевание может проявляться в разных клинических формах — либо в виде нозологической единицы, либо в виде патогенетического или этиологического синдрома, либо в виде лихорадочного состояния, т.е. в виде разных клинических форм одного и того же заболевания. В соответствии с характерными особенностями этих клинических форм при нозологической единице «специфик» можно подобрать только по совокупности резорбтивных симптомов, свидетельствующих о нарушении естественной функции органа или части физиологической системы, а при этиологической синдроме «специфик» подбирается только по совокупности рефлекторных симптомов, свидетельствующих о нарушении иннервации органа или части физиологической системы. При лихорадочных заболеваниях «специфик» можно правильно подобрать только по полной совокупности симптомов свидетельствующих об активации функции иммунной системы как естественной защитной системы организма. Во всех трех случаях у пациента будет одинаковый набор симптомов, но последовательность появления симптомов нозологической единицы будет различной и именно она будет определять группу симптомов для правильного выбора «специфика».

Что касается синдрома патогенетического, то в этом случае у пациента всегда имеются одновременно симптомы двух и более нозологических единиц, так что в этом случае подобрать «специфик» по первичным симптомам какой-то одной нозологической единицы не удается. Для подобных случаев С. Ганеман разработал метод антимиазматической терапии, при которой гомеопатическое лекарственное средство подбирается по эволюционирующим симптомам, общим для всех нозологических единиц. Эти симптомы были отнесены им к симптомам первичной хронической болезни, а их патогенетически связанные группы  С. Ганеман описал как хронические миазмы.

Еще одной особенностью является невозможность подобрать «специфик» по подобию первичных симптомов болезни для лечения сопутствующего заболевания, так как причиной его появления является наличие морфологических изменений органа или ткани и, разумеется, большинства первичных симптомов у пациента просто не будет. Такие заболевания С. Ганеман определил как односторонние болезни (отсутствует часть первичных симптомов болезни) и для их лечения он разработал методику выбора «спецификов» по совокупности симптомов первичной болезни с морфологической локализацией.

В клинической практике врач может встретиться с любой формой болезни и, согласно, §1 «Органона» он должен уметь излечивать их все, т.е. врач-гомеопат должен владеть несколькими прикладными терапевтическими методиками гомеопатической терапии. Соответственно, необходимым условием успешного изучения избранной терапевтической специальности,  а также осознанного и целенаправленного совершенствования своих профессиональных навыков является знание структуры терапевтического метода как целостной научной системы, основных этапов его развития и характерных отличительных особенностей каждого этапа. В противном случае отдельные элементы различных терапевтических методик смешаются в сознании врача, он не будет знать четких показаний к применению той или иной прикладной методики и, как следствие, не будет получать в клинической практике тех результатов, которые демонстрируют его более грамотные коллеги.

Для выполнения этого необходимого условия успешной клинической практики все прикладные методики гомеопатической терапии объединены в три кластера в соответствии с этапом развития гомеопатической медицины на котором они появились – базовый кластер (этап симптоматологии), основной кластер (этап синдроматологии) и мастер-кластер (этап нозологии).

Кластером называется совокупность прикладных методик позволяющая решать определенную проблему во всех ее аспектах. Кластер является более широким понятием, чем научная система, так как включает прикладные методики относящиеся к двум и более научным системам. Соответственно, клинический кластер состоит из прикладных методик, относящихся к разным терапевтическим системам.

Гомеопатическая терапия показана только на первой и второй стадиях развития патологического процесса, поэтому в клинические кластеры гомеопатической медицины обязательно включены терапевтические методики, относящиеся к другим терапевтическим системам, которые позволяют врачу-гомеопату работать на третьей стадии развития патологического процесса – стадии декомпенсации, отличительной особенностью которой является появление различных новообразований и дискразических состояний. Методики гомеопатической терапии называются основными методиками гомеопатического клинического кластера, а методики других терапевтических систем, применяемые на третьей стадии развития патологического процесса для лечения сопутствующих заболеваний — дополнительными.

Кроме основных и дополнительных методик в состав кластера могут входить вспомогательные методики, применяющиеся только при лечении определенных возрастных групп или при однотипном естественном изменении функции физиологической системы. Вспомогательные методики гомеопатической терапии входят в состав основного кластера и используются при лечении детей и подростков, а также беременных женщин, кормящих матерей и пациентов после шестидесяти лет.

На этапе симптоматологии может применяться только наиболее примитивный диагноз по аналогии. Поэтому базовый кластер гомеопатической медицины составляют методика «ключевой» симптом и антимиазматическая терапия как основные методики, а изопатическая терапия рассматривается как дополнительная методика, так как все эти терапевтические методики представляют собой разные варианты диагноза по аналогии.

Методика «ключевой» симптом представляет собой, по сути, усовершенствованную базовую методику гомеопатической терапии – при этиологической синдроме для выбора препарата берется симптом, свидетельствующий о нарушении характера функции ЦНС, при патогенетическом синдроме и нозологической единице берется симптом, свидетельствующий о нарушении характера естественной функции органа или части физиологической системы, а при лихорадочном заболевании берется симптом, свидетельствующий о характере активации иммунной системы. Так как эти симптомы, свидетельствующие об изменении характера функции первично пораженной структуры, которые в гомеопатии определяют как «наиболее замечательные, самостоятельные, редкие и характеристические» симптомы (§153), всегда указывают на определенную клиническую форму заболевания, то они находятся в патогенезах одного, максимум трех препаратов и грамотному врачу-гомеопату не представляет особого труда идентифицировать показанный для излечения «специфик».

Что касается изопатической терапии, то сперва подбирается нозод по принципу contraria contraribus, так как пациент находится на третьей стадии развития патологического процесса, а затем, на второй стадии развития патологического процесса,  подбираются «специфики» по принципу similium similibus. Именно этим и объясняются характерные особенности изопатической терапии.

Второй этап развития научной терапевтической системы начинается с появления рабочей теории позволяющей использовать в клинической практике более совершенный индуктивный диагноз. В гомеопатии рабочей теорией является теория хронических миазмов, разработанная С. Ганеманом и в основной кластер гомеопатической медицины входит в качестве основной методика «треножник Геринга», которая рассматривается как эволюция антимиазматической терапии. Самостоятельные методики лечения детей, подростков, беременных женщин и кормящих матерей, а также пожилых пациентов рассматриваются как вспомогательные методики. В качестве дополнительных методик используется лечение онкологических заболеваний и дискразий с помощью органных вспомогательных препаратов и растительных препаратов, приготовленных по технологии abrovital, так как эти прикладные методики являются частными случаями индуктивного диагноза, но относятся к другим терапевтическим системам.

 На  третьем этапе развития терапевтической системы появляется всеобъемлющая теория (или доктрина), позволяющая использовать универсальный метод дифференциального диагноза, который в гомеопатии представлен методом «крест св. Андрея». Отличительной особенностью дифференциального диагноза является то, что в терапевтической системе он всегда представлен самостоятельным методом, а не отдельными методиками. В соответствии со свойствами дифференциального диагноза мастер-кластер включает метод (а не методику!) «крест св. Андрея» как основную методику и методику использования гомеопатических лекарственных средств, приготовленных по LM, XM и M-шкалам как вспомогательную. Вспомогательная методика мастер-кластера используется на стадии декомпенсации, в том числе и для лечения онкологических заболеваний и дискразических состояний.

Гомеопатические клинические кластеры используются для изучении гомеопатии как самостоятельной врачебной специальности при подготовке врачей-гомеопатов и студенты  Института классической гомеопатии в обязательном порядке изучают все методики базового кластера гомеопатической медицины, так как только в этом случае они смогут правильно выбрать необходимое для излечения лекарственное средство. В тех случаях, когда врач, называющей себя гомеопатом, даже в совершенстве владеет какой-то одной прикладной методикой, он сможет правильно подобрать специфически действующее средство только при какой-то одной клинической форме заболевания, а в остальных случаях результат лечения всегда будет отрицательным.

Изучение одной, базовой для гомеопатии, методики эмпирического назначения «спецификов» является характерной особенностью подготовки «социальных» гомеопатов, т.е. фельдшеров критерием успешной деятельности которых является только улучшение состояния, а не излечение болезни.